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El programa de Doctorado en Administración (Ph.D.) es el fruto de un amplio proceso de intercambio y cooperación desarrollado, desde 1991, entre la Universidad EAFIT y la École de Hautes Études Commerciales (HEC) de Montreal; en particular con los docentes e investigadores vinculados al Grupo de Estudios Humanismo y Gestión, creado en 1989.
El doctorado en Ciencias de la Tierra forma profesionales capacitados para planear, investigar, presentar, defender y difundir los resultados de sus investigaciones en las áreas de las ciencias de la tierra.
El Doctorado en Economía de EAFIT busca formar profesionales de excelente calidad académica y humana, competentes a nivel internacional, capaces de contribuir al desarrollo de la cienciaa económica a partir de los resultados de investigaciones aplicadas y pertinentes que expandan la frontera del conocimiento en la economía en general y en su área de experticia en particular.
El Doctorado en Humanidades conjuga diferentes campos de formación, representados en las siguientes líneas de investigación: estudios filosóficos, estudios históricos, estudios políticos y estudios sociales de las organizaciones.
El Doctorado en Ingeniería forma personas con capacidad de realizar y orientar en forma autónoma procesos académicos e investigativos, y de desarrollar, afianzar o profundizar competencias propias de una formación doctoral en el campo de la ingeniería.
El doctorado en Ingeniería Matemática forma profesional altamente competentes capaces de enfrentar los problemas científicos o tecnológicos provenientes de diversos sectores productivos, desde la matemática en áreas como la geometría, la topología, el control, la modelación y la simulación, el análisis numérico, la inteligencia artificial, el análisis funcional, la bioinformática y la computación.