Los estudiantes que ingresan a primer semestre de cualquier pregrado ofertado por la institución inician inducción el lunes 26 de julio, mientras que los estudiantes antiguos inician clases el lunes 2 de agosto, excepto el programa de medicina cuyos estudiantes antiguos inician actividades académicas desde el lunes 26 de. De acuerdo con Duván Emilio Ramírez, rector de la Universidad de Manizales se iniciará en alternancia, pero se estará evaluando la evolución de las infecciones por covid- 19 así como la ocupación de camas UCI con el fin de ir aumentando la presencialidad, "retornar a una presencialidad total es nuestro deseo", expresó el directivo.

En este orden de ideas las actividades prácticas se desarrollarán de forma presencial en el campus institucional mientras que las teóricas serán realizadas, algunas de forma presencial y otras mediadas por las tecnologías, esta programación será concertada entre los decanos de cada facultad y los directores de programa e informada a los estudiantes para que conozcan las alternativas con las que cuentan para sus actividades académicas.

La Universidad de Manizales es la primera Institución de Educación Superior en la región certificada por el Icontec por el cumplimiento de condiciones bioseguras, un aspecto en el que sigue trabajando y actualizando los protocolos de acuerdo con las sugerencias de los entes de control, con el fin de ofrecer a la sociedad universitaria un campus cada vez más seguro.