El programa de doctorado propone un modelo que enfatiza la investigación y la excelencia académica. Para ello, el estudiante y su director diseñan un programa personalizado. Luego, la formación se divide en tres fases:

1. En la primera, el estudiante sigue un conjunto de cursos que han sido seleccionados y aprobados para asegurar la formación en el área de conocimiento.
2. En la segunda, el alumno presenta un examen de calificación para validar su dominio en los temas de su especialidad.
3. Finalmente, en la tercera fase, el estudiante desarrolla su investigación para hacer una contribución original al estado del arte en su campo de estudio. Para esto, debe:

• Presentar un proyecto de investigación que se encuentre dentro de las líneas de investigación del área de estudio, el cual deberá aprobar el Comité del Programa de Doctorado.
• Desarrollar el proyecto de investigación bajo la dirección de un profesor que hace parte de un grupo de investigación.
• Publicar sus resultados en conferencias y revistas.
• Trabajar en un laboratorio internacional durante al menos seis meses, bajo la dirección de un investigador extranjero.
• Escribir una tesis doctoral.
• Defender públicamente su tesis doctoral.

Flexibilidad curricular
El Programa de Doctorado en Ingeniería promueve la flexibilidad curricular. Por esto, los estudiantes de doctorado podrán ver asignaturas que no estén relacionadas directamente con su área de estudio, pero que de común acuerdo con su director consideren que pueden aportar al desarrollo de su capacidad intelectual, personal e investigativa.

Relación universidad-empresa
La Escuela se ha caracterizado por su pragmatismo y su orientación hacia la innovación empresarial. En este sentido, se estimula el desarrollo de vínculos fuertes con el sector productivo y el desarrollo de estrategias para apalancar el crecimiento empresarial en la innovación.