Entre septiembre y diciembre de 2015, el programa de Arqueología de la Universidad Externado de Colombia realizó la investigación Contribución al conocimiento y apropiación social del patrimonio arqueológico asociado al arte rupestre presente en la zona de San Benito- La Tupia en el municipio de Sibaté – Cundinamarca. La investigación tuvo entre sus objetivosno solo documentar el arte rupestre de San Benito- La Tupia, sino también registrar evidencia arqueológica adicional  que permitiera ver la interacción de los habitantes prehispánicos con el entorno y su relación con el arte rupestre.

La participación entusiasta de niños y jóvenes del colegio General Santander, la Escuela San Benito, los vigías del patrimonio  y la Secretaria de desarrollo Social y Secretaria de Cultura de Sibaté, socializó los trabajos arqueológicos. Esto permite reconocer este tipo de  patrimonio en el municipio y advertir los diversos factores que ponen en riesgo el arte rupestre y los sitios arqueológicos.

Utilizando la información de la prospección arqueológica, los análisis de los materiales encontrados y la aplicación de sistemas de información geográfica (SIG) desarrollada por el Laboratorio Interdisciplinar de Análisis Espacial (LINAE) de la Universidad Externado, muestra que las personas  vivieron en San Benito-La Tupia desde el precerámico hasta el contacto europeo. Comparando las herramientas de piedra encontradas en San Benito- La Tupia, tanto por su materia prima como su fabricación, muestran similitudes con las herramientas de piedra de un sitio arqueológico vecino; los abrigos rocosos del Tequendama en Soacha. Las herramientas en Tequendama fueron fechadas entre el 10.000 a.P al 8.000 a.P. 

También se compararon los fragmentos de cerámica de San Benito- La Tupia con materiales de la Sabana de Bogotá. Estos sugieren que las personas siguieron viviendo en el área y realizando actividades de carácter doméstico, no solo por parte de los habitantes que usaban cerámica Herrera hace 3.500 a.P. sino que continuaron allí durante el período Muisca entre el 1.200 al 1.600 d.C. Por otro lado, así como se demostró que la zona fue ocupada por largo tiempo, la mayor densidad de materiales arqueológicos recuperados coincide con distribución y localización de las rocas con manifestaciones rupestres denominadas El Estandarte, La Punta y el Abrigo. Esta localización y distribución parece estar relacionada con decisiones de los pobladores prehispánicos: no solo los habitantes intencionalmente pintaron en aquellas rocas siguiendo paralelamente la divisoria de aguas entre el río Aguas Claras y la quebrada San Benito, sino que también  eligieron aquellas rocas más elevadas para plasmar los motivos geométricos, mientras que otras no se pintaron. Utilizando las herramientas de intervisibilidad del SIG, se sugiere que los puntos donde se encuentra el arte rupestre tienen una visibilidad no muy extensa ni muy lejos del área. El punto visible más lejano desde la roca la Punta queda hacia al noroccidente, en límites entre los municipios de Soacha y Granada, a unos 10,6 kilómetros. Hacia el suroccidente, el punto visible más lejano queda a un poco menos 10 kilómetros, en el punto triple entre Sibaté, Silvania y Fusagasugá. Hacia el oriente y hacia el norte la visibilidad es muy limitada pero es curioso que en esa dirección a 10 km se encuentren los abrigos rocosos del Tequendama, La Poma y el sitio arqueológico Nueva Esperanza.

Las investigaciones arqueológicas desarrolladas por la Universidad Externado no pueden asociar directamente los vestigios arqueológicos con las manifestaciones rupestres de San Benito- La Tupia y determinar quiénes fueron las personas que las hicieron pero si demuestran que los paisajes y elementos del paisaje en San Benito- La Tupia fueron construidos culturalmente, mediante la elección de decorar o no ciertas rocas siguiendo criterios de visibilidad.